Závažnou komplikací léčby rt-Pa bylo rozsáhlé krvácení do břišní stěny a do malé pánve.
Incidence trombózy mechanických chlopenních náhrad je nízká ( u aortální chlopně do 0,25% za rok, u mitrální do 2,5% za rok), trombóza obou levostranných náhrad je raritní. Etiologicky se na vzniku trombózy podílí většinou špatná antikoagulační léčba. Pro diagnozu je cenný auskultační nález vymizení uzavíracího kliku protézy, který je potvrzen typickým nálezem při fluoroskopii a echokardioskopii.
Stav je možno řešit chirurgicky (náhradou chlopně či trombectomií) u selektivních pacientů podáním trombolytika, jehož klinický efekt je popisován až u 70% nemocných, výskyt retrombóz u 20% a systémových embolizací u 10% nemocných.