Pozdní komplikace, následky transplantace mohou představovat zvláště u dětí poškození růstu a psychického vývoje. Dále může vzniknout sterilita, katarakta, sekundární malignity, poruchy funkce štítné žlázy, pneumopatie, sklon k infekčním komplikacím, ale i řada dalších orgánových poškození. Prognosticky nepříznivá je recidiva základního onemocnění.
Transplantace progenitorových krvetvorných buněk kostní dřeně a z periferní krve jsou v dnešní době již léčebnou metodou volby u celé řady onemocnění, především u hematologických malignit. Tento náročný léčebný zákrok umožňuje intenzivnější léčbu základního onemocnění a celkové zlepšení osudu řady nemocných.