V průběhu vývoje choroby

primární polycytémie může nabýt charakter myelofibrózy, u nemocného s esenciální trombocytémií mohou v průběhu sledování narůstat hodnoty erytrocytů a leukocytů až onemocnění splní kritéria pro primární polycytémii. Konečnou fází CML je ve většině případů blastický zvratu (akutní leukémie), u ostatních MPS je přechod do akutní leukémie méně častý.
Trombotické a krvácivé komplikace se mohou vyskytují u všech jednotek MPS, častěji provázejí PV a ET. Riziko trombózy je vyšší u nemocných s vysokým hematokritem, hyperviskozitou krve a při vysokém počtu destiček. Na vzniku trombózy se kromě vysokého počtu destiček podílí i morfologické a funkční poruchy destiček. Časté jsou neurologické příznaky ( bolesti hlavy, poruchy sluchu a vizu). Trombóza portální žíly může být prvním projevem MPS. U nemocných s počtem destiček nad 1000 x 109/l se častěji objevuje epistaxe, krvácení z dásní, vzácně krvácení z GIT. Zvýšená krvácivá pohotovost se přičítá zvýšené intravaskulární aktivaci destiček, degranulaci, abnormální konsumpci von Willebrandova faktoru a ztrátě hemostatické účinnosti cirkulujících destiček.